就在局势陷入绝境时，艾莉丝突然在精神世界中捕捉到一丝熟悉的波动——那是宇宙意志的回响。她集中精神，与宇宙意志建立起更深层次的联系。在宇宙意志的指引下，她发现黑暗战舰的能量核心与那些黑色晶体存在着某种共生关系，只要破坏掉能量核心周围的关键晶体，就能削弱战舰的力量。
艾莉丝迅速将这一发现告知众人。林默立刻制定作战计划，他带领部分队员驾驶小型战斗机，吸引黑暗战舰的火力；卡修斯则操控飞船，寻找合适时机靠近战舰；艾莉丝留在飞船上，运用精神力协助林默等人，同时密切关注宇宙意志的指引。
战斗进入白热化阶段，林默驾驶战斗机在炮火中灵活穿梭，成功吸引了黑暗战舰的主要火力。卡修斯趁机驾驶飞船靠近战舰，利用飞船上的高能激光武器，对能量核心周围的关键晶体发动攻击。在艾莉丝的精神力辅助下，攻击准确命中目标，关键晶体纷纷破碎。
随着关键晶体被破坏，黑暗战舰的能量供应出现问题，武器系统和防御系统逐渐失灵。林默等人抓住机会，发动最后的总攻，成功摧毁了黑暗战舰。
然而，危机并未就此解除。曙光星系核心区域的黑暗能量仍在不断扩散，恒星的坍缩趋势也愈发明显。林默意识到，必须找到根源，彻底消除黑暗能量。
在宇宙意志的指引下，他们深入黑暗能量中心，发现了一个巨大的黑暗能量漩涡。漩涡中，一个散发着邪恶气息的身影若隐若现。原来，这一切的幕后黑手是一个被封印已久的黑暗主宰，它利用宇宙的动荡，试图冲破封印，重掌宇宙。
林默等人毫不犹豫地冲向黑暗主宰，与它展开了一场惊心动魄的决战。黑暗主宰拥有强大的黑暗力量，不断释放出各种黑暗法术和攻击。林默运用宇宙平衡之力与之抗衡，艾莉丝用精神力干扰黑暗主宰的行动，卡修斯则利用科技武器对其进行攻击。
在战斗的关键时刻，宇宙意志再次发挥作用。它汇聚起整个曙光星系乃至周边星系的正能量，注入到林默等人的体内。获得强大力量加持的林默等人，终于成功击败了黑暗主宰，将其重新封印。
随着黑暗主宰被封印，曙光星系的黑暗能量逐渐消散，恒星恢复了稳定，星系的引力平衡也慢慢恢复正常。林默等人带着胜利的喜悦和对宇宙更深的敬畏，返回星辰之盟。
这次危机让他们明白，宇宙的和平与平衡时刻面临挑战，而他们作为宇宙的守护者，肩负着无比沉重的责任。未来，无论遇到怎样的困难和危机，他们都将坚定地守护宇宙，与一切邪恶势力战斗到底。而宇宙意志的觉醒，也为他们照亮了前行的道路，让他们坚信，只要顺应宇宙的正义与和谐，就没有克服不了的艰难险阻。